O Programa de Pós-Graduação em Engenharia e Ciência de Alimentos (PPG-ECA) da Universidade Federal do Rio Grande (FURG) iniciou suas atividades como “Stricto Sensu” em 1996 a partir de uma experiência consolidada de formação de profissionais graduados em Engenharia de Alimentos. Para isto, contava com um corpo docente que foi sendo capacitado para atender as principais demandas da área de alimentos. O Programa está vinculado à Escola de Química e Alimentos, unidade da instituição que, além de atender diferentes cursos, é responsável diretamente pelas disciplinas profissionalizantes dos cursos de graduação de Engenharia de Alimentos, Engenharia Química, Engenharia Bioquímica, Engenharia Agroindustrial-Indústrias Alimentícias, Engenharia Agroindustrial-Agroquímica, Química-Licenciatura e Química-Bacharelado.

O curso de graduação em Engenharia de Alimentos foi implantado em 1979 pela portaria nº 810 publicada no Diário Oficial da União em 18 de outubro de 1985. Após, foi aprovado pelo Conselho Federal de Educação, refletindo a vocação do antigo Departamento de Química, atual Escola de Química e Alimentos, no sentido de formar profissionais capacitados para atuar na área de Engenharia de Alimentos. Na época 4 mestres e outros 2 profissionais recém-contratados atuavam na área. A partir de 1980 os docentes da área priorizaram a continuidade das capacitações em Ciência, Tecnologia e Engenharia de Alimentos, visando à implantação de um programa de pós-graduação, o que se deu em 1996 com um número inicial de 6 docentes doutores, evoluindo para os 13 docentes permanentes atuais.

A estratégia para a consolidação da vocação de capacitar pessoas na área de Alimentos foi desencadeada com a iniciação científica (1985), com o Programa Especial de Treinamento Tutorial PET (1991) e a criação do Curso de Pós-Graduação "Lato Sensu" Especialização em Engenharia de Alimentos (1994). Com esta experiência, o grupo propôs a instauração da primeira Comissão de Curso de Pós-Graduação em Engenharia de Alimentos, composta por professores dos Departamentos de Química, Matemática, Física, Educação e Ciências do Comportamento, que propôs a transformação do curso de "Lato Sensu" para "Stricto Sensu", o que foi aprovado pelos Conselhos da Universidade em 1995.

O Mestrado em Engenharia de Alimentos iniciou as atividades com oferta regular de disciplinas a partir do primeiro semestre acadêmico de 1996. A redenominação do Programa para Mestrado em Engenharia e Ciência de Alimentos e alteração das 3 áreas de concentração para uma única, Engenharia e Ciência de Alimentos, ocorreu em 2001 e foi efetivada em abril de 2002, conforme recomendação dos consultores indicados pela CAPES. Com a experiência em evolução e a contribuição de novos docentes capacitados, em março de 2004 foi aprovado pela CAPES a ampliação do Programa para nível de Doutorado, com Área de Concentração Engenharia e Ciência de Alimentos e duas Linhas de Pesquisa, Bioprocessos em Alimentos e Valoração de Recursos Hidrobiológicos, sendo no Mestrado também disponibilizadas as Linhas de Pesquisa Secagem de Alimentos e Caracterização de Recursos Agropecuários. Com a consolidação desta última, passou também a ser disponibilizada para os discentes desenvolverem suas Teses. Atualmente o PPG-ECA possui 3 linhas de pesquisa que representam as áreas de atuação do seu corpo docente, sendo estas: Bioprocessos em Alimentos, Caracterização dos Recursos Agropecuários e Valoração de Recursos Hidrobiológicos.

Entre os indicadores da evolução deste Programa, está o aumento das publicações em periódicos internacionais de impacto e o número crescente de convênios nacionais e internacionais firmados. Também é importante destacar as visitas técnicas de docentes de outras instituições e países, bem como doutorandos executando atividades em instituições Europeias, Canadenses e Americanas. O Programa sempre se destacou pela elevada participação em congressos e outros eventos técnico–científicos nacionais e, atualmente, também internacionais. Outra atividade que merece destaque no Programa é a iniciação científica, caracterizada pela grande participação de estudantes dos cursos de Engenharia de Alimentos, Engenharia Química, Engenharia Bioquímica e Química. Todos os professores do Programa integram grupos de pesquisa cadastrados, reconhecidos pelo CNPq, sendo que 7 dos 13 docentes permanentes são Bolsistas Produtividade. Além disso, atuam como consultores "ad-hoc" em diversas agências de fomento, tais como CAPES, CNPq e FAPERGS e da própria instituição.

Esta estratégia elevou o Programa para o conceito 5 na avaliação trienal da CAPES de 2007-2009, que se manteve no triênio 2010-2012.